ZOOM Lite

תיאור

ZOOM Lite היא תוכנת מיפוי והדמיית נתונים לרצף מהדור הבא. המשתמשים מכניסים גנומים של הפניות ו- Illumina/Solexa קוראים קבצים קצרים או שטח צבע AB SOLiD קורא קבצים בפורמטים שונים, כגון * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta וכו '. ZOOM מפיק את תוצאות המיפוי של קצרים אלה. קורא על רצף ההתייחסות. ל- ZOOM Lite יש גרעין מיפוי מהיר ומדויק המבוסס על תיאוריית זרעים מרובי רווחים שתוכננה לאחרונה. ניתן לטפל בקריאות חד-צדדיות ובזוגיות באורכים שונים מ -15 bp ל -240 bp. כל מספר אי התאמות והכנסה/מחיקה אחת של אורכים שונים בין הקריאה לאזור היעד שלה ברצף ההתייחסות מותרים. התוצאות הממופות באופן ייחודי או התוצאות הטובות ביותר (N העליונות) עבור כל קריאה ידווחו על פי אי התאמות מינימליות ואורך ה- indel. ציוני איכות משמשים לשיפור דיוק המיפוי. בהתבסס על ליבת המיפוי, ZOOM Lite מאפשר למשתמשים לטעון נתוני קריאה מקומיים ולהתייחס לנתוני רצף, לבחור פרמטרים מתאימים, לעבד נתוני נפח גבוה במקביל בין עד ארבעה מעבדים, לפקח על משימות הריצה, לאחסן את תוצאות המיפוי, להציג את הגרפים של תוצאות מיפוי ותוצאות מיפוי פלט בפורמטים של קבצי * .BED או * .GFF לסקירה נוספת באמצעות מידע על מסלול הדפדפן UCSC. ניתן לצפות בתוצאות המיפוי בכל קנה מידה רצוי, מגרף עומק הקריאה על כרומוזום שלם ועד ליישור רצף מפורט בין קריאה לרצף ההתייחסות. משתמשים מנווטים בקלות לאזורים מעניינים פשוט באמצעות לחיצה וגרירה או גלילה. ZOOM Lite הוא נגזרת של תוכנת ZOOM Studio.